Jugada las 6 fechas de la primera fase de la Etapa Nacional así quedó la tabla única de posiciones con algunas precisiones muy importantes por considerar:
Los primeros 32 equipos están clasificados a dieciseisavos de final: se enfrentarán en duelos de ida y vuelta en orden correlativo (1⁰ vs. 32º, 2⁰ vs. 31⁰, y así sucesivamente), siendo los equipos ubicados entre el 17 y 32 los que comenzarán de local. Los equipos del puesto 33 al 50 quedaron eliminados de la competencia.
Cabe resaltar que 16 clubes han asegurado su clasificación a la Liga3 2025 (indicados en la tabla con la leyenda L3). De ellos, 14 continúan en competencia, por lo que podrían aspirar a clasificar a Liga2 como campeón o subcampeón de esta Copa Perú 2024, y en tal caso ceder su cupo a Liga3 al otro representante de su región.
Para poner sobre aviso, la tabla esta sujeta a cambios de acuerdo reclamos pendientes de fechas pasadas en las que se incluye el de Patriotas FC a Viargoca FC por el cual el cuadro tacneño aspira reprogramar el partido que se declaró como WO a favor del elenco caravelino en la jornada 1. De momento, en la tabla de posiciones ese WO implica un 3-0 a favor de Viargoca y una deducción de -3 puntos a Patriotas, por lo que este club aparece en el puesto 48 con solo 2 unidades (y no con 5 como muchas tablas que circulan en redes equivocadamente consignan). No obstante, es importante recordar que para efectos del cálculo de los puntos relativos tanto de Patriotas como de sus rivales el reglamento estipula que dicha deducción no se considera y todo se estima a partir de los 5 puntos originales.